クラミジアの抗原検出法にはＰＣＲ法（Polymerase Chain Reaction法）が主流で、DNAプローブ法と同様の遺伝子診断法です。
PCR法は感度が高く検体の中にクラミジアの細胞が１個あれば検出が可能といわれます。
この方法は遺伝子の一部をコピーすることで感度を高めていますがそれがうまく作れない場合には感度が落ちます。コピーを作るときの技術が難しいとされ、クラミジアに似た遺伝子配列の混入物によって誤った判断をする危険性もあります。
そのほかに尿道、直腸、鼻咽頭粘膜などの細胞もクラミジア菌の検出のために利用可能ですが、腹腔内の細胞は簡単には採取できません。この方法の欠点は体表面に近い部位の細胞しか採取出来ないということです。
また、腹腔内の直接感染を診断するためには血液中の抗体検査をすることになります。
他の検査方法に比べると非常に感度がいいので、郵送検査や臨床的に通用する検査法としてはＰＣＲ法と、ＩＤＥＩＡ法くらいでしょう。
最近では検査法も改良が進み感度が非常に向上していますが、ＰＣＲ法と同等もしくはそれ以上の検査方法はまだないようです。
【実際の検査方法（ＰＣＲ法）】
１）女性の場合
初感染部位である子宮頸管の頸管上皮細胞が検体になります。
（膣分泌液を採取、検査します）
２）男性の場合
子宮頸管のかわりに尿道（検尿）の検査をします。
【検査結果の見方】
この検査でクラミジア菌自体がその部位に存在するか否かを知ることができます。
すなわち、現在感染しているかどうかがわかります。陽性であれば治療が必要です。
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